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尹延东
Yandong YIN
化学生物学研究所
特聘研究员
yinyd@yiyidaolai.org
Timeline
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2021至今
深圳湾实验室 特聘研究员
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2018-2021
纽约大学医学院 研究员
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2014-2018
纽约大学医学院 博士后
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2013-2014
北京大学 科研助理
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2008-2013
北京大学 博士
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2004-2008
北京大学 学士
研究领域
尹延东课题组主要研究方向包括:DNA/组蛋白修饰、染色质结构的动态调控与DNA复制、转录等调控机制的物理关联;DNA/组蛋白修饰、染色质结构的动态调控与DNA损伤及修复机制的物理关联;新一代快速超分辨光学显微成像技术的创新开发;新型复杂图像重构及定量解析的技术创新开发。
成果
一. 高内涵复杂图像分析技术的发展
多色超分辨显微成像技术的诞生使得观测细胞内原位观测分子复合体结构及其空间分布成为可能。然而,超分辨图像定量解析技术的滞后极大得阻碍了超分辨成像技术的广泛应用。针对这一问题,尹延东先后发展了随机共定位模拟(Stochastic Co-localization Modeling)、三阶相关函数(Triple-Correlation Function, TCF)等统计分析技术,实现在复杂胞内环境中评估分子间结合强度及复合体的组装构造的定量统计描述。随后,尹延东又对三阶相关函数进行了理论延申,并发展了快速高阶相关函数计算方法,实现高通量超分辨图像的定量解析 (Nat. Commun., 2019)。
结合多色超分辨显微成像与上述定量分析方法,尹延东先后探究了1) ATR通过控制FANCI蛋白磷酸化来实现对DNA复制的调控机制 (Mol. Cell, 2015);2) ATR对单个DNA复制叉的实时监控与受抑响应的物理关联 (Mol. Cell, 2021)。
二. 扩散受限的荧光相关光谱技术的发展
荧光相关光谱是一种在热力学平衡状态下测量化学反应速率、分子构象变化动态过程的单分子技术。然而,受分子本身布朗运动的影响,荧光相关光谱可探测的动力学时间窗口局限于10 ns - 50 µs,极大地限制了FCS的潜在应用范围。针对这一问题,尹延东先后发展了降速扩散荧光相关光谱 (diffusion-decelerated FCS, ddFCS)、单分子扫描荧光相关光谱(single-molecule FCS, smFCS) 等新型相关光谱技术,实现在热力学平衡态下,同时测定ns – 0.1s级别的分子反应动力学。利用上述方法,尹延东探究了DNA发卡分子折叠动力学全貌 (Chem. Commun., 2012) 以及首次表征了DNA双螺旋结构中单个错配碱基自由翻转的热动力学特征 (PNAS, 2014)。
高内涵复杂超分辨图像挖掘
(A) 多色超分辨显微成像技术提供多通道纳米级空间分布信息。(B) 基于三阶相关函数方法的图像信息挖掘 (i) 三阶相关函数描述三种待测分子相对位置的概率分布; (ii) 提取最概然分布的分子复合体结构; (iii) 对实际分子复合体组成的定量解析。
荣誉
2013 北京大学优秀博士毕业论文
2012 研究生国家奖学金
2012 塞拉尼斯奖学金
招聘信息
媒体报道
人物 | 尹延东:还原细胞世界真实影像——为分子拍照的“摄影师”
代表论文
1. Y Yin#, WTC Lee, D Gupta, …, E Rothenberg#, A basal-level activity of ATR links replication fork surveillance and stress response, Mol. Cell 2021, 81, 4343-4257 (#corresponding author).
2. WTC Lee, Y Yin, M Morton, …, E Rothenberg, Single-molecule imaging reveals replication fork coupled formation of G-quadruplex structures hinders local replication stress signaling, Nat. Commun. 2021, 12, 1-14.
3. Y Yin#, WTC Lee, E Rothenberg#, Ultrafast data mining of molecular assemblies in multiplexed high-density super-resolution images, Nat. Commun. 2019, 10, 119 (#corresponding author).
4. YH Chen*, MJK Jones*, Y Yin*, SB Crist, …, TT Huang, ATR-mediated phosphorylation of FANCI regulates dormant origin firing in response to replication stress, Mol. Cell 2015, 58, 323-338 (*co-first author).
5. Y Yin*, L Yang*, G Zheng, C Gu, C Yi, C He, Y Gao, XS Zhao, Dynamics of spontaneous flipping of a mismatched base in DNA duplex, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014, 111, 8043-8048 (*co-first author)